Ný framsetning á riðuarfgerðum í Fjárvís

Í síðastliðnum mánuði voru settar fram nýjar skilgreiningar á næmi PrP-arfgerða fyrir riðusmiti. Skilgreiningarnar byggja á eldri rannsóknum, nýjum rannsóknum á gömlum riðuhjörðum og PMCA næmiprófunum og taka til allra sex sætana sem er nú hægt að láta greina.

Í kjölfarið var ráðist í að uppfæra framsetningu á niðurstöðum riðuarfgerðagreininga í Fjárvís í samræmi við þessar nýju skilgreiningar og þá verkferla sem unnið verður eftir við úrvinnslu á niðurstöðunum.

Niðurstöður riðuarfgerðagreininga voru fyrst settar fram á myndrænan hátt í Fjárvís fyrir rúmu ári síðan með mismunandi litum flöggum eftir því hvaða arfgerð gripurinn bar. Hefðbundna samsetta arfgerðin úr þrem sætum stýrði litum á flöggunum en breytileikar í einhverjum af þeim þrem nýju sætum sem voru greind fengu grátt flagg enda þá ekki ljóst hvernig unnið yrði með þá breytileika.

Í nýrri framsetningu er notast við sama litaþema og í þeirri eldri, það er að rauði liturinn er „verstur“ og táknar mikla áhættu sem síðan fer minnkandi eftir því sem litirnir breytast í gulan, síðan bláan og loks grænan þar sem dökkgrænt flagg táknar hina verndandi ARR- genasamsætu.

Í nýrri framsetningu á riðuarfgerðum hefur hver genasamsæta nú fengið sitt sérstaka flagg þar sem heiti sætisins og tákn breytileikans sem stýrir mótstöðunni kemur fram og litur flaggsins skilgreinir þá næmi samsætunnar. Þar sem hver gripur hefur ávallt tvær genasamsætur, eina frá föður og aðra frá móður ætti gripur með greiningu í öllum 6 sætum ávallt að fá tvö flögg sem lýsa þá samsetningu hans.

Þær upplýsingar sem liggja til grundvallar merkingu gripsins með flöggum geta annars vegar komið úr niðurstöðum greiningar á lífsýni eða úr svokallaðri Fjárvísgreiningu sem er búin til í Fjárvís í þeim tilfellum þar sem hægt er að spá um arfgerð afkvæmis út frá arfgerðum foreldra. Í einhverjum tilfellum hafa gripir verið greindir oftar en einu sinni fyrir eitt eða fleiri sæti. Dæmi um þetta er til dæmis gripur sem er með eldri greiningu frá þeim tíma er aðeins var greint í sætum 136 og 154 en hefur síðan verði greindur aftur fyrir öll 6 sætin. Annað dæmi er til dæmis gripur sem hugsanlega var í vor greindur aðeins fyrir eitt eða fá sæti en síðan hafa hin sætin verið greind seinna. Einn gripur getur því verið með niðurstöður úr fleiri en einu sýni og Fjárvísarfgerð og eru nú öll þessi gögn lögð saman til að mynda eins skýra mynd af arfgerð gripsins eins og hægt er. 

Eins og með önnur gögn sem unnið er með í ræktunarstarfinu er mikilvægt að tryggja gæði þeirra áður en farið er að vinna úr þeim. Það þarf því að gera ákveðnar villuprófanir á sýnaniðurstöðunum til að tryggja eins og hægt er að rétt niðurstaða hafi verið tengd við réttan grip áður en farið er að vinna með þær. Það geta jú alltaf orðið mistök við sýnatöku eða skráningu og jafnvel við greiningu á sýni.

Þegar sýnaniðurstöður berast eru þær lesnar inn í Fjárvís. Hafi sýnið verið forskráð á gripinn við sýnatöku parar Fjárvís niðurstöðurnar saman við gripinn með sýnanúmerinu. Hafi sýnið ekki verið forskráð er það engu að síður lesið inn í Fjárvís og geymt þar til hægt er að tengja sýnanúmerið við ákveðinn grip. Öll gögn eru lesin inn í Fjárvís og geymd en eftir innlestur fer af stað ákveðið ferill prófana sem sker úr um það hvort óhætt sé að nota gögnin í áframhaldandi vinnslur.

Eftirfarandi prófanir eru gerðar á gögnunum fyrir úrvinnslu:

1. Skoðað hvort leyfileg gildi séu í öllum sætum til að tryggja að ekki hafi slæðst villur inn í niðurstöðurnar.
2. Ef til er meira en ein greining fyrir gripinn er skoðað hvort þeim greiningum ber saman.
3. Ef upplýsingar eru fyrir hendi um arfgerðir foreldra er skoðað hvort þær passa við niðurstöður afkvæmisins.
4. Skoðað er hvort óeðlilegur fjöldi breytileika finnist. Þar sem ekki er vitað til þess að gripur geti erft nema einn breytileika frá hvoru foreldri ætti hver gripur að hámarki að vera með tvo breytileika þannig að ef fleiri finnast þarf að skoða það betur.

Þau gögn sem staðist hafa þessa prófun eru tekin til áframhaldandi úrvinnslu. Gripirnir fá flagg í samræmi við gögnin og þau eru notuð í arfgerðarspám fyrir afkvæmi. Í þeim tilfellum þar sem gögnin hafa ekki staðist þetta próf lenda þeir gripir á villulista og ekki er unnið með þau áfram fyrr en búið er að skera úr um hvað er rétt í hverju tilfelli fyrir sig.

Eins og áður var nefnt ættu allir gripir sem hafa upplýsingar um öll 6 sæti að fá 2 flögg. Þegar kemur að því að úthluta flöggum er byrjað á því að skoða hvort það finnist breytileikar sem gefa rauð, blá eða græn flögg. Ef enn þá vantar flagg eða flögg hjá gripnum kemur inn gult flagg sem táknar villigerð eða að enginn breytileiki hafi erfst annaðhvort frá öðru eða báðum foreldrum. Gripir sem ekki hafa upplýsingar um öll 6 sæti geta einnig fengið flagg eða flögg ef breytileikar finnast í þeim sætum sem upplýsingar eru til fyrir. Dæmi um þetta gæti verið gripur sem hefur bara greiningu í sæti 171 og er greindur með QR í því sæti. Hann fær þá eitt dökkgrænt flagg en ekki er mögulegt að spá fyrir um hin sætin og því stendur hann með eitt flagg þar til upplýsingar fást fyrir hin sætin.

Vinnu vegna uppfærslu á Fjárvís með tilliti til nýrrar úrvinnslu á riðuarfgerðagögnum er ekki lokið. Enn á eftir að uppfæra arfgerðarspárnar í Fjárvís en það verður gert í kjölfarið á þessari uppfærslu. Arfgerðaspárhlutinn er mjög mikilvægur þar sem eftir því sem þéttari grunnur upplýsinga byggist upp í gegnum greiningar á riðuarfgerðum verður hægt að spá fyrir um arfgerðir fleiri gripa með meira öryggi og nýta þær upplýsingar þegar velja á hvaða gripi nauðsynlegt er að senda úr sýni til greiningar. Með þeim verkferlum sem nú hafa verið settir upp við úrvinnslu gagnanna í Fjárvís er verið að hámarka öryggi á þeim arfgerðarspám sem unnar verða í Fjárvís og geta í framtíðinni sparað greininni umtalsverða fjármuni í greiningarkostnað.

Leiðbeiningar á grunnatriðum við innleiðingu verndandi arfgerða, genasamsætur og erfðir er að finna á heimasíðu RML og í hrútaskrá 2023-2024.